东北中山中学始建于1934年，专门招收当时在北平从东北流亡到关内的中学生，是抗战时期教育部直属的第一所国立中学。 在抗战年代，学校师生积极参加抗日救亡运动，是全国唯一一所有组织参加"一二·九"学生运动的中学。由于日本帝国主义对中国的疯狂侵略，东北中山中学被迫进行了四次迁校，辗转流亡于南方各省。在极其艰苦的条件下，学校始终贯彻爱国主义的教育宗旨，成功地为祖国培育了众多的栋梁之材。 学校培养了刘嘉禾（冶金专家）、吴光磊（著名数学家）、程世祜（国防固体力学专家）、贾有权（我国光测实验力学的带头人）、赵鹏大（地质学家）、郭小川等一大批各个领域的民族精英，在中华教育史上开创了光辉的业绩。 抗战胜利后，学校于1946年10月迁回沈阳。 1996年，东北中山中学在原沈阳市第39中学校址恢复校名至今。 1998年被批准为市级重点中学，1999晋升为省级重点中学，2010年被评为辽宁省省级示范校。